Thành phố này được cho là thủ đô của Volga Bulgaria từ sớm nhất là vào thế kỷ thứ 8. Cuộc xâm lược của những người Nga dọc theo sông Volga đã buộc những vị vua của Volga Bulgaria phải chuyển thủ đô về Bilyar. Sau khi Bilyar bị phá hủy trong cuộc xâm lược của Mông Cổ, thủ đô cũ đã trở thành một trung tâm của một tỉnh riêng biệt của Hãn quốc Kim Trướng. Trong khoảng thời gian Mông Cổ cai trị, Bolghar đã trở lên giàu có với nhiều tòa nhà hoành tráng cùng sự mở rộng lãnh thổ gấp mười lần so với trước.

Trong cuộc chiến tranh Tokhtamysh-Timur, thành phố đã bị suy giảm đáng kể. Nó bị cướp bóc bởi Bulaq-Temir vào năm 1361, đe dọa bởi Timur Lenk, sau đó là cướp phá bởi những tên cướp biển Nga Ushkuiniks, và đến năm 1431, thành phố bị phá hủy bởi Vasily II của Muscovy. Sau đó thành phố trở thành một trung tâm Hồi giáo của Hãn quốc Kazan, trước khi bị chinh phục bởi Sa hoàng Ivan IV để trở thành một phần của nước Nga. Thành phố sau đó được định cư bởi những người Nga. Pyotr Đại đế sau đó đã ban hành một sắc lệnh để bảo tồn các di tích còn sót lại, đây cũng chính là điều luật đầu tiên của Nga về bảo tồn một di tích lịch sử.

Trong thời kỳ Xô Viết, Bolghar là trung tâm của phong trào Hồi giáo địa phương, được biết đến như là Tiểu Hajj khi các cuộc hành hương từ Tatarstan và các nơi khác của Liên Xô không thể tham gia cuộc hành hương Hajj đến Mecca, thì họ đã tới Bolghar.